NetMHCpan 和 MHCflurry 有什么区别？它们在 MHC 类 I 结合亲和力预测方面有何优劣之处？

回答时间 : 2024-01-24

参考资料

Open-Source Class I MHC Binding Affinity Prediction

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

1

Improving MHC class I antigen-processing predictions ...

cell.com

2

NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions ...

academic.oup.com

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1. NetMHCpan 采用“泛基因型”方法，一个模型同时输入肽段和 MHC 基因型的表示[4]。

2. MHCflurry 预测速度超过每秒 7,000 次，比 NetMHCpan 4.0 快 396 倍[1]。

3. NetMHCpan-4.1 相对于 NetMHCpan-4.0 有改进[3]。

4. MHCflurry 2.0 使用更大的神经网络，具有两到三个隐藏层，超过一百万参数[7]。

5. 在一项研究中，MHCflurry 表现与 NetMHCpan 相当[6]。

6. 对于大肽段来源，NetMHCpan 和 MHCflurry 在预测中产生不一致的结果[8]。

7. 总体而言，选择取决于需要，NetMHCpan 和 MHCflurry 在不同情境下可能有不同的优势。

参考：

- [1] : Open-Source Class I MHC Binding Affinity Prediction

- [3] : NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions

- [4] : Tool MHCflurry: Open-Source Class I MHC Binding Affinity

- [6] : MHCVision: estimation of global and local false discovery rate

- [7] : MHCflurry 2.0: Improved Pan-Allele Prediction of MHC

- [8] : Discordant results among major histocompatibility complex

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